一、馬德里注冊的優點
１、手續簡便
     國際商標申請人可僅需直接向所屬國商標主管部們提出申請，不必再委托其他國外的商標代理人或組織辦理；申請人僅需用一種文字提交一份申請書（在我國可用中文填寫一份申請書），即可同時指定一個或多個國家，在一個或多個商品/服務類別上申請商標國際注冊。申請手續簡便。

２、費用低廉
     申請人繳納以瑞士法郎計算的統一規費，或根據“議定書”再繳納單獨規費，而無須逐一向每一個指定保護的國家分別交費。另外，根據“協定”及“議定書”，國際注冊申請人可不經過代理人，直接向本國的商標主管機關提出注冊申請，從而可節省一筆代理費。從數額上看，國際注冊費大大低于分別向每個國家申請注冊的費用，后者一般包括該國商標注冊規費、代理費和翻譯費等。商標申請人在馬德里所有成員國就一個類別申請商標注冊所需的費用是逐一國家申請注冊所需費用的1/12～1/11。因此，費用低廉。

３、時間快捷
     申請人從向商標局提交商標國際注冊申請之日起，如果手續齊備并按規定繳納費用，一般六個月即可取得國際商標注冊證。根據“協定”和“議定書”的規定，該商標申請自國際局登記此項國際注冊之日起十二個月（協定）或十八個月（議定書）內，申請人指定保護國家的商標主管機關有權駁回這一領土延伸申請，也就是說，從國際注冊日起，如果被指定國在上述的規定期限內沒有向國際局發出駁回通知，該商標將在該指定國自動得到保護。申請人在十二個月或十八個月左右的時間內，就能知道自己的國際注冊商標在各有關國家是否得到保護。

二、馬德里注冊的缺點
１、注冊國家的局限性
     因為《馬德里協定》最先是由實施商標注冊原則的國家提出的，所以，以取得所屬國國內注冊作為申請國際注冊的先決條件，限制了一部分實施商標使用原則的國家的積極性；

     “馬德里聯盟”是指由“馬德里協定”和“馬德里議定書”所適用的國家或政府間組織所組成的商標國際注冊特別聯盟。截止 2015 年6月5日，馬德里聯盟共有95個成員國（或稱締約方），一些同我國貿易聯系密切的國家，目前還不是成員國。我國企業無法通過馬德里國際注冊途徑在這些國家取得商標注冊。

２、基于協定的國際注冊申請和基于議定書的國際注冊申請的主要區別在于：
申請人資格不同
馬德里協定國際注冊申請必須基于本國注冊商標；
馬德里議定書國際注冊申請可以基于本國注冊或申請商標；因此，在申請上有一定的限制。

３、注冊效力的不穩定性
     由于國際注冊要求以國內申請/注冊為基礎，五年后才能與原屬國的注冊脫鉤，因此一旦原屬國的注冊在五年內被撤銷，國際注冊也隨之將被撤銷，這一情況又被稱之為"中心打擊原則。

4、① 商標申請在審查中被駁回，如需復審，不能向國際局而必須向作出駁回決定國家的商標主管機構提出，并另行支付費用；
     ② 由于國際注冊先頒證后審查，使注冊證上指定的國家可能和最終獲得注冊的國家不同，不便于注冊人管理；
     ③ 同時，馬德里國際注冊證書不是商標獲得注冊的有效證明，使用時必須附有指定國家出具的注冊證明才能被承認為注冊商標。

5、駁回期限不同
馬德里協定國際注冊申請的駁回期限為 12個月；
馬德里議定書國際注冊申請駁回期限為 18個月。